Una instancia de aplicación WAINE es un directorio que contiene una serie de archivos, directorios y enlaces. Aunque una instancia podría ser creada manualmente debe emplearse el comando mkapp para su creación. En la versión 0.5.0 el contenido de una instancia es el siguiente:
En la instancia también existen una serie de enlaces a ficheros necesarios por el motor. Estos enlaces no deben ser eliminados ni modificados.
action.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/action.php
elstruct.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/elstruct.php
form.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/form.php
index.php → login.php
loginev.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/loginev.php
login.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/login.php
logout.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/logout.php
menu.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/menu.php
plot.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/plot.php
print.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/print.php
struct.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/struct.php
workflow.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/workflow.php
Por último también aparece un enlace a un directorio del sistema. Este directorio contiene codigo javascript empleado por el motor del sistema.