Una instancia de aplicación WAINE es un directorio que contiene una serie de archivos, directorios y enlaces. Aunque una instancia podría ser creada manualmente debe emplearse el comando mkapp para su creación. En la versión 0.5.0 el contenido de una instancia es el siguiente:

• general.cfg: Se trata del fichero principal de configuración de una instancia

• blob: Directorio que contiene los blobs utilizados por la aplicación. Estos blobs pueden ser definidos por el programador o empleados por el sistema (para campos de tipo blob-file).
• _CONF: Directorio de configuración.
• etc: Contiene ficheros extra necesarios para la aplicación creados por los desarrolladores.
• hlp: Directorio destinado a albergar los ficheros de ayuda de la aplicación.
• packages: De uso exclusivo del sistema para mantenimiento de los paquetes instalados en la instancia. Ver (Sistema de gestión de paquetes)
• tmp: Directorio de archivos temporales del sistema o de la propia plicación. El contenido de este directorio debería ser eliminado periódicamente.

En la instancia también existen una serie de enlaces a ficheros necesarios por el motor. Estos enlaces no deben ser eliminados ni modificados.

• action.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/action.php
• elstruct.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/elstruct.php
• form.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/form.php
• index.php → login.php
• loginev.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/loginev.php
• login.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/login.php
• logout.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/logout.php
• menu.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/menu.php
• plot.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/plot.php
• print.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/print.php
• struct.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/struct.php
• workflow.php → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/workflow.php

Por último también aparece un enlace a un directorio del sistema. Este directorio contiene codigo javascript empleado por el motor del sistema.

• js → /usr/local/lib/waine-0.5.0/bin/../engine/js